Otoimmün hastalıklar, immün sistemin self–nonself toleransını kaybederek kendi dokularına karşı adaptif immün yanıt oluşturmasıyla gelişir. Hedef dokuya göre organ-spesifik veya sistemik sınıflanırlar.
Bir otoimmün hastalığı olan bireyde başka otoimmün hastalık gelişme riski artmıştır (otoimmün kümelenme).